Я так понимаю, этот эффект появляется из-за того, основной объект в кадре мигает и экспозиция в камере просто сходит с ума.
Камера снимает правильно, фиксируя очередной фрагмент видео в момент разной степени освещённости здания и неба соответственно. При объединении кадров в гиперлапс создаётся эффект стробоскопа, что естественно.
Это неисправимо. Вполне себе оригинальный гиперлапсик.