думаю, это верное направление мысли. или делать с большей высоты одним кадром. а иначе - камера фантома не очень пригодна для картографии из-за сильных геометрических искажений.
вариант увеличить высоту, линейно сделать N количество снимков с маленьким интервалом, потом долго и нудно вырезать из них надир и ту часть, которую не затронула перспектива, и только потом клеить их в одну карту.
Тут еще рядом была тема про Pix4D mapper - посмотрите, может там что поможет...